La Universidad de los Llanos, desde el año 2005 ha trabajado en el diseño, implementación y mejora su Sistema de Gestión de la Calidad y Modelo Estándar de Control Interno, los cuales fueron integrados mediante la Resolución Rectoral 2287 de 2010 en el Sistema Integrado de Gestión. En marzo de 2013, el ICONTEC otorgó por primera vez la certificación al Sistema de Gestión de la Calidad de la Universidad (Certificación de Calidad 2013), dando cuenta así del cumplimiento de los requisitos de la Norma ISO 9001:2008, esta certificación tuvo una vigencia de 3 años y fue renovada en 2016 (Certificación de Calidad 2016).

Por otra parte, con el fin de mejorar su desempeño ambiental y reducir su impacto, en 2016 la Institución inició el diseño de su Sistema de Gestión Ambiental, de acuerdo a los requisitos de la Norma ISO 14001:2015.

En el año 2015 se presentó un cambio estructural de la Norma ISO 9001 a partir de la cual fue necesaria una reestructuración del Sistema de Gestión de la Calidad. Por medio de la Resolución Rectoral 1758 de 2018, se hicieron las actualizaciones del Sistema de acuerdo a los requisitos aplicables, y se integraron además el Sistema de Gestión de la Seguridad y Salud en el Trabajo y el Sistema de Gestión Ambiental. En ese mismo año, el ICONTEC actualizó la certificación de calidad, de acuerdo a los requisitos de la versión 2015 de la Norma (Certificación de Calidad 2018).

En el año 2022 la Universidad se presentó ante el ICONTEC su Sistema de Gestión de la Calidad para renovar y ampliar la certificación dando cobertura a la sede Granada, y presentó además para otorgamiento de certificación su Sistema de Gestión Ambiental con alcance a la sede Barcelona y al Campus San Antonio. El ente certificador, determinó que los Sistemas de Gestión presentan conformidad frente a los requisitos y otorgó las certificaciones (Certificación de Calidad 2022 y Certificación ambiental 2022).

Es de mencionar que, con el objeto de mantener las certificaciones otorgadas por ICONTEC, es necesario que dicho ente evalúe anualmente los Sistema de Gestión mediante auditorías de seguimiento.